在生物科学领域上，面对基因，蛋白质等高分子的研究以及对各种药物性质的测试，高性能计算显得尤为重要。在人类基因组的测序中，基因组序列的长度通常都在几十亿碱基对以上，若要得到全部序列，就需要将单次测序得到的结果进行拼接，而由于序列拼接问题的复杂性，它对存储空间的要求性非常高，运用高性能计算，能有效地提高拼接效率。

对于现代天气预报、特殊气象保障任务而言，需要提供定点、定时、定量的精细气象预报和服务。为确保其实施的实效性和运行的稳定性，必然要求建立在数值预报基础之上，但数值模式普遍具有计算规模巨大、高精度等特点，于是高性能计算机便成为了现代气象研究的中流砥柱。

环保部门需使用高性能集群系统，用于空气质量预报预警、改进空气质量模型、RSM建模运算和在示范区域进行污染源贡献分析、情景费用效益分析的测试计算等。